肥后的暴动发生后，丰臣秀吉看到肥后的战局有失控的危险，立即命令加藤清正、小西行长率军前去围剿镇压。清正在领内四处散发安民告示，宣布：“我以仁慈来使万民归附”。
就在加藤清正和小西行长上任后不久，行长领内的天草半岛发生了大规模的国人一揆。天草的大矢野、志歧、上津浦、栖本和天草党被称为天草五人众，他们因为不愿意负担小西行长修筑宇土城的劳役而起兵造反。天正十六年九月，小西行长出兵渡海攻打富冈的志歧麟仙。小西军的先头部队刚在袋之浦登陆，就立即遭到了志歧党的迎头痛击。小西行长在镇压不利的情况下，不得已向加藤清正求援。
清正手持片镰枪击杀志歧城守将木山弹正瓦解了守军的士气，志歧城没过多久就陷落了。攻陷了志歧城后，清正和行长的联军转而进攻本渡城的天草种元，并在五天之内粉碎了抵抗。志歧党和天草党的败亡促使天草半岛剩下的国人们纷纷降服，天正天草国人一揆就此告一段落。这一突发事件暴露了行长不擅军事的弱点，这也成为以后清正蔑视他的原因。