司马迁写的五帝本纪中，黄帝是古代圣主四帝的祖先，都是血脉相承，建立姒姓夏朝的禹也是黄帝后裔，商周有着共同的姓，在文化上都是华夏文明范畴内，在司马迁的五帝世代仍是禅让制，尽管都是黄帝子孙，但是也是选择贤能，虽然同姓，但是不同时期“姓”也发展变化，在古代天子建德，因生以赐姓，胙土而命之氏的情况下，远古的姓氏是不断变化的，即使相同血脉也未必是一个姓氏。黄帝成为华夏民族祖先，黄帝崇拜就是从司马迁记载以后逐渐建立起来。儒学在独尊儒术时期，有《尚书》等六经，还不是以孔子学说为基础，儒家的分支很多。司马迁在《史记》首次把孔子列入世家等同诸侯，使当时独尊儒术的儒学中又进一步突出了孔子学说的地位，为后来历朝历代逐渐以孔子为儒学的最高地位建立基础。司马迁不仅提升了孔子在儒学中的地位，而且为孔子的学生们立传，在教育领域也打破了封建贵族教育的伦理，保障促进了很多类似孔子农工商学生的下层人民有了受教育的权力，这不仅是对儒学发展有益，更提升了孔子在中下层人民中的影响力，让孔子平民弟子后来也享受了官祭。司马迁建立的黄孔崇拜也是古今祭祀黄帝和孔子的开端和基础。

司马迁去世后，儿子司马临和司马观时遭遇李陵祸而改姓隐蔽，其中就有一个为李陵辩解遭阉割，可能是司马观，因为没有记载他有后裔，司马临有后裔就是著名的司马徽，而且司马徽作为司马迁的后裔是迁徙到河南，不同于隐藏在家乡韩城附近的同宗改姓冯氏和同氏，他的子孙也有改姓司氏的在洛阳，改姓马氏的到襄阳。司马徽的先祖是史通子，在新末乱世避难河南。“史通因避莽乱，隐居嵩阳，徵为长门嫡孙，改姓同氏，返归故里，徙居徐村。”司马徽诈死改姓同氏返回韩城故乡，定居徐村。司马迁后裔留在家乡韩城徐村的都改姓冯氏、同氏，司马徽支系的部分改姓司氏、马氏，定居在洛阳和襄阳。
司马迁后裔生活时间线：
司马迁太初末去世，史记中止。儿子司马观继官太史公。儿子司马临继爵显武里大夫。
司马观为李陵辩解被治罪，下狱阉割为中书令，司马临避祸离开长安茂陵显武里回乡隐居。
司马迁长子司马临让儿子改用冯氏和同氏，在家乡附近的徐村隐居，历经数十年到新朝。
司马徽先人在徐村得知王莽寻司马迁后裔，前往长安封史通子，恢复司马氏原姓。
司马徽先人在新朝战乱中逃离长安，隐居在洛阳和嵩阳河南地区，有司马徽等众多子孙。
司马徽定居颍川郡，这支司马迁后裔用司马氏，主要在河南地区。
司马徽躲避战乱迁居荆州襄阳，隐居教育诸葛亮、徐庶、庞统、孟建、崔州平、石广元等。
司马徽在曹操攻占荆州时，诈死离开荆州返回韩城故乡，他的子孙则改姓司氏和马氏。
司马徽在洛阳的子孙司藩帮助司马懿夺取最高统治权。
司马氏统一中国，晋朝修建司马迁庙，司马迁子孙部分恢复原姓。
司马迁后裔在以后的战乱中再次用司氏、马氏、冯氏和同氏等避祸。