高校思想政治的根本问题在于如何在保障学术自由和言论自由的前提下，有效地引导和管理学生的思想和行为。具体来说，主要有以下几个方面的问题：教育内容和方法的问题。高校思想政治教育缺乏针对性、实效性和趣味性，容易变成一种形式主义，缺乏吸引力和影响力。同时，教育内容也需要不断更新，以适应时代发展和学生需求的变化。师资队伍建设的问题。高校思想政治教育需要有一支具有高水平、专业化、多元化的师资队伍，但目前存在师资队伍结构不合理、教育教学能力不足等问题。学生主体性和参与度的问题。高校思想政治教育应该注重培养学生的主体性和参与度，但目前很多教育形式仍然是一种被动的灌输式教育，缺乏互动和交流。政治化和意识形态化的问题。高校思想政治教育容易被政治化和意识形态化，导致教育内容和方法受到政治干预，影响教育的客观性和科学性。评价体系的问题。高校思想政治教育的评价体系需要更加科学、公正、客观，避免评价过于功利化或表面化，否则会影响教育的质量和效果。