蛋白质氮元素主要存在于蛋白质分子中的氨基酸中。每个氨基酸分子都有一个含有氮原子的氨基端，这些氨基在蛋白质分子中彼此连接，形成氨基酸残基，进而构成整个蛋白质结构。在人体内，蛋白质氮元素的来源可以是膳食摄入或是身体内的氮代谢过程。