如果在购买的三天内发现面包里面有活苍蝇，可以进行以下赔偿方式：退货换货：可以要求商家退货换货，将面包退回商家并要求换一份新的面包。退款：可以要求商家退款，将购买面包的金额全额退还。赔偿：如果因为食用面包导致身体不适或者医疗费用增加，可以要求商家进行赔偿。在进行赔偿时，建议及时与商家联系并提供相关证据，如照片或视频等。同时，可以咨询相关法律规定，以确保自己的权益得到保障。