同等学力申硕和在职研究生的区别在于：同等学力申硕是免试入学，只需要符合报名要求即可申请，而在职研究生有多种报考形式，在其中同等学力申硕属于一种。此外，同等学力申硕最终只能获得硕士学位证书，而在职研究生可以获得学历证书或在职讨论生证书。同等学力申硕和在职研究生是从属关系，通过同等学力申硕的方式可以报考在职研究生课程学习。