食品毒理学主要研究方法有化学分析方法和生物学分析方法两个方面。化学分析方法是一种直接测定食品成分、公民污染物以及其他毒性物质的方法，借助于一系列的分析仪器，如元素分析仪、气相色谱仪、气相质谱仪等，可以客观准确地测定食品中的物质含量。生物学分析方法主要是利用检测试片对牲畜服用食品中添加的有害物质进行检测的方法，从而发现食品成分中可能存在的潜在危害，其灵敏度非常高，也更具有时效性。