区别是存在的，指令生为公费生，不需要缴纳学费；三限生为择校生，需要缴纳择校费，但收取费用也有一定的限制，具体视各学校而定。指令生和三限生的录取原则也有所不同，前者是中考前决定，而后者是中考后决定。