帝国时代2中，玛雅文明最大的弱点是其经济和军事能力的薄弱。由于缺乏足够的资源，玛雅无法建立强大的军队和经济体系，容易受到其他文明的侵略。此外，玛雅还容易受到自然灾害的影响，如飓风、地震等。