根据一般规定，农村养老保险的缴费方式是按年度缴纳。所以，如果已经交了两年一百的农村养老保险，后面不能一次性交高档。通常需要按照规定的缴费标准继续按年度缴纳保险费，以保证持续的养老保险权益。具体的缴费方式和标准可咨询当地的社保部门或保险机构。