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一、首先要确定太乐巴戈斯的能力类型，因为这就是朱紫故事谜团的产生方式。它使用能力的一个最清晰的例子是：主角带着它来到北上乡晶光池，见到了穿越过来的奥琳/弗图博士。
1.这首先直接地说明，它确实拥有一定的穿越时空的能力。但是，这种能力是没有任何限制的吗？还是只能像这个例子一样连接第零区与晶光池呢？
《碧之假面》中，丹瑜说的“传说在晶光池能看见已经去世的人”，范围仅限于晶光池，而且被看见的人是北上乡人认识的，说明被看见的人是从晶光池的过去穿越到了晶光池的未来，然后再穿越回到自己原本的时间线上正常过完一生。
所以，太乐巴戈斯的能力的精确限制是：能够把有太晶晶体的时间、地点的人或物体，转移到另一个有太晶晶体的时间、地点。

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2.它导致的穿越与失忆有一定联系。
零区大空洞，博士的笔记内容：
①对地点的判断：从气温和湿度来看是文献上读过的东方，硫磺的气味、很高的地方，在池塘附近。
②《零之秘宝》：只提到“那个孩子给了我一本白色的书”，没提到自己是用朱/紫之书换的。而且笔记可能不是完整的，不确定是真的不记得了还是没写进笔记/笔记后来被破坏。
主角视角，也就是对博士来说穿越到未来实际发生的事情：
①对地点的判断：博士听了回答之后重复了“北上乡的晶光池”，说在文献中看到过，这是一个涌出的水会带有太晶能量的地方。
②《零之秘宝》：是用博士小时候写了名字的一本朱/紫之书和主角交换了《零之秘宝》。
另外，坐骑故勒顿/密勒顿和博士接触，博士猜测这是翼大王/铁大蛇，主角的两个选项都是说了故勒顿/密勒顿的名字。博士评价这是个好名字，在主角提问时回答了当时的时光机还处于计划阶段。
那么，博士显然知道北上乡晶光池对太晶研究的重要意义，如果没有失忆，笔记里就不可能只出现那么少的内容。这个失忆很容易让我们想到另一个因为太乐巴戈斯而失忆的人——海哲。而在时间穿越中失忆的理由是人尽皆知的：防止发生悖论。
　　我认为这也是“朱”与“紫”的另一个含义：可见光频率的极限，超出这个范围的光线是人眼不可见的。当一幅用包含可见光以外频率的光对应“颜色”所作的画摆在人面前，人类能看到的只是可见光的部分。而“不可见”代表的就是探索的限度，在朱紫的故事中出现的限度就是不发生时空悖论。太乐巴戈斯的行为目标是在秩序范围内帮助人类和宝可梦实现愿望，但超出范围内的部分就会果断地抹去，是理智与感情、大局与小爱的平衡。
　　但是，穿越后的博士也对主角提到过，这次见面不一定来自连续的时空，如果这个博士不是本宇宙的博士，主角与他的见面和笔记就不能联系起来以证明太乐巴戈斯与失忆的关系。如果他看到的不是自己宇宙的未来，就完全没有可能构成悖论，没有必要失忆；故勒顿/密勒顿的名字也无法构成“悖缪”。
　　如果要说穿越的博士就是本宇宙的，还有一个矛盾：归乡之路中关闭时光机的钥匙是放在博士小时候写了名字的朱/紫之书里的，而这本书最后被去其他时代的博士AI一起拿走了。两本书的外观完全相同，在背包里的描述除了关于来源的部分不同以外，对书本身的描述是一字不差的。如果这书只有一本，博士在过去把它换给了主角，那么作为时光机钥匙的书又是哪里来的呢？
　　能解决这个矛盾的说法有认为博士小时候买了一模一样的两本书，都用歪歪扭扭的字迹签上了名。但是还有更好的不用出现两个相同来源、一模一样的物品的解释：我们已经知道太乐巴戈斯穿越能力的条件是，穿越的起点和终点都要有太晶晶体。而AI博士因为制造的科技超出现代人类水平，所以采用了太晶能量，也是因此他无法离开研究所。那么去到古代/未来的AI博士，身上必然每时每刻都存在太晶晶体，能去到和想去的区域也必然有着让悖缪宝可梦得以穿越的太晶晶体，他也无法离开这种区域。而他的手上，恰好拿着博士小时候签了名的朱/紫之书。穿越到晶光池的博士认为自己带着的朱/紫之书和他来自同一个时间点，但是为了防止悖论发生，太乐巴戈斯完全可以在博士穿越时，用AI博士手上的书替换博士同一时间点上的书，而不把后者进行穿越，而是将其留在原来时间点，最后再等穿越回去以后把博士关于换走朱/紫之书的记忆删掉就行了。游戏里我们没有办法检验从晶光池换到的博士小时候的朱/紫之书里是否有时光机钥匙，但是只要太乐巴戈斯不想让钥匙出现，它完全可以只从AI博士手里传送走书，而把钥匙留下。
　　这样，AI博士在穿越到古代/未来以后，就会发现自己手上博士小时候的书不见了，只留下时光机钥匙。而博士从晶光池穿越回去以后，不会记得自己把小时候的朱/紫之书交换出去了，也会发现这本书就像他穿越之前一样放在原地。至于为什么主角手上先后拿到的这两本书外观上没有明显区别，可以解释为，这是博士小时候的书，至少放了二十多年，而且博士很重视这本书，保存环境不会太差，那么再多放几年外观变化也可能不明显。
现在，我们知道了博士和海哲都因为太乐巴戈斯而失忆过，但情况不同：海哲只记得自己和某人说话，并不记得自己去到了不涉及空间穿越就很难直接去到的地方。而且博士是被拥有太乐巴戈斯的主角召唤而来，海哲才是站在太乐巴戈斯旁边的人，更可能是他召唤别人。而且，主角见到的博士显然没有失忆，回到原本时间点的博士也只是失去了在未来的部分记忆，并没有失去其他记忆。主角也完全没有失忆。
　　所以，并不是固定的召唤者或被召唤者失忆，也不是“宝可梦世界穿越容易失忆”例子中的北尚、帅哥、莉拉、莫恩这样失去几乎全部记忆。真正的规律是，过去的人接触了未来的信息以后，为了防止发生悖论，必须删除一部分来自未来的信息，而对于其他无害的记忆完全没必要删除。那么海哲失忆的原因就是他见到了来自未来的事物。

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3.它的能力显然不止时空穿越，还有“实现愿望”。蓝莓学院生态巨蛋中，用太晶能量照射以后，出现了野生太晶化宝可梦、太晶巢穴，甚至有的植物变成了秘传调味料（钢天王纳莉给坐骑故勒顿/密勒顿吃的药，能让它获取新的坐骑能力，她说是用生态巨蛋里长出的植物制作的），显然说明这一切的来源就是太晶能量。
　　太晶能量还被用于超出人类目前水平的科技；厄诡椪与主角的战斗中连续四次用面具进行特殊太晶化，也有“与大家的回忆等感情成为了它的力量”的提示，原本只是彩色颜料和木制面具造型塑造出的属性外观因为镶嵌太晶晶体的原因拥有了真正的水、火、岩属性能量（厄诡椪没有面具真的不能变成另外三种形态，介绍中有“释放出蕴藏在面具内的属性的能量战斗”）；坐骑故勒顿/密勒顿开局不能变回战斗形态，也失去了大部分坐骑能力，但是AI博士说过它身体没问题，说明它失去力量是因为战败和博士的牺牲产生的精神影响，第四观测站室内出现大量太晶晶体可能也是因为坐骑故勒顿身上的太晶能量离开了它，它在归乡之路最后能变回战斗形态也是因为与主角的相处让它找回了自信和勇气。
　　那么太晶能量产生的这些影响都可以归纳为一个：实现愿望，有强烈感情的人或宝可梦可以发挥更强的力量，而失去这种感情也会失去这种力量。那么既然太乐巴戈斯是愿意帮人类和宝可梦实现愿望的，它的一定条件下的时空穿越能力当然也可以为了他们的愿望发动。至于按照愿望制造或改造出新种类的宝可梦，这个完全没有相关证据。因此，这里采用悖缪宝可梦起源的说法是：太乐巴戈斯会根据许愿者的愿望，从过去和未来有太晶晶体的区域，把符合愿望的宝可梦穿越过来。而悖缪宝可梦确实是在古代和未来，在没有太乐巴戈斯主动制造或改造的情况下产生的。最多可能让未来种删除记忆，而古代种没有性别和繁殖能力可以解释为像尼多后那样为了战斗力牺牲繁殖能力的例子，一个家族里只有部分会分化成这样，而其他的依然有繁殖能力。
4.此外，太乐巴戈斯星晶形态的特性是让天气和场地的作用归零，而任何宝可梦“星晶化”以后使用的“太晶爆发”技能和太乐巴戈斯的“晶光星群”技能，对所有处于太晶包括星晶状态的宝可梦为2倍克制，而对所有未太晶化的宝可梦属性克制倍率为1倍。所以与普通太晶化对应利用太晶能量实现具体某个愿望不同，“星晶化”的状态对应直接使用拥有所有属性的力量进行攻击，以及收回他人的许愿。它可能也有收回许愿，让太晶的影响归零的能力。

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二、第零区金属板与地面图案的含义
　　蓝之圆盘至少公布了第零区的一些信息，现在尝试在已知答案的情况下寻找这些图案对应的东西：
①两个底边平行的三角形，尖部重合，轮廓为“沙漏”形，重合部分旁边写着“00”。因为博士曾经通过零区大空洞实现了从第零区到晶光池的穿越，可以认为它们是连在一起的，而第零区是向下凹陷的大坑，晶光池在山顶，所以猜测上方三角形是巨坑，下方三角形是晶光池所在的山，中间重合部分是零区大空洞。
“00”的含义：博士的笔记中太乐巴戈斯被称为“零之秘宝”，显然指的是它，但是为什么不能只写一个“0”呢？从太乐巴戈斯是太晶能量实现愿望的起源，也是愿望的归零来看，再结合太乐巴戈斯种群曾经因为地质活动而只剩下这一只，猜测，第二个“0”指的是修饰零之秘宝太乐巴戈斯的“起源与归零”，零区大空洞是太晶化的起源——太乐巴戈斯，的所在处，是“起源的起源”；也是这一种群曾经繁盛留下的最后痕迹与希望，是“归零的归零”。
帕底亚地区及中间第零区的轮廓，标出了现代各个城镇。在太乐巴戈斯形象刚刚发布的时候就有人发现，帕底亚地区的轮廓和太乐巴戈斯太晶形态相似，中间第零区是它的核心宝石，道馆、宝主、天星队凑齐了18属性，而它的背壳也有18属性图标。我猜测这表示的是它太晶形态的外观，以及星晶形态它背上太晶宝石的造型是平时形态的自己，脚下的帕底亚大地也是它的形状，表示的是它的星晶形态造型——“无限叠下去的乌龟塔的宇宙模型”。
②四个外切的、2×2排列的圆，里面各有一个箭头，箭头的指向形成一圈的循环。我猜测的代表是厄诡椪的四个面具，因为人（和厄诡椪）的脸是圆的，四个面具代表不同表情和情绪，情绪是会经常变化的，表现为面具的轮番更换。上文说过厄诡椪的特殊太晶化是“太晶力量由感情支撑”最明显的例子，这个图案表示的可能就是太晶能量的这个规律。

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三、悖缪宝可梦们为什么被称为悖缪宝可梦
　　既然现在确定悖缪宝可梦是货真价实的古代和未来宝可梦了，它们为什么不直接称为古代/未来宝可梦，而被称为悖缪宝可梦呢？它们只是简单的穿越者这个原因真的够吗？以下将根据“已知它们确实是悖缪宝可梦”，再联系其他线索，还原一个“足够悖缪”的起源故事。
1.对时间穿越设定的假设
　　首先，目前已知和“悖缪”关系最大的是坐骑故勒顿/密勒顿。“它们的名字”这一信息成了时空闭环，在这个已经含有穿越的时间线里没有起源。
　　但是，其他悖缪宝可梦的名字没有明显出现这一过程，它们成为“悖缪”的原因是什么呢？按照相同原理，我会往时空闭环方向猜测。为了方便还原其他悖缪宝可梦的起源，我在这里假设，①穿越是可以对过去正常一定改变的，②在穿越出现、闭环形成之前的时间线是存在的，而这时这些“没有起源”的信息是有起源的，只不过在穿越出现以后，回到过去的它们把自己的起源抹消了。
　　我这样假设是因为，太乐巴戈斯的能力就是实现愿望和归零愿望，如果改变不被允许、改变之前的时间线不存在，那么涉及穿越时空的愿望与把已经实现愿望的时间线归零为原本的时间线，就都失去了意义。
　　以下举一个简化的例子进行解释：假设一个科学家拥有时光机，他命令一个机器人进行穿越（因为机器人比较容易下绝对的命令）。
①解释我的假设“一定的改变是允许的”：第一天，科学家在桌子上放了一个橘子、一个蓝莓。第二天科学家本人不对此干涉。第三天，科学家要求机器人，穿越的目标时间是第二天，在那个时间待一段时间以后穿越回来。而且这次只要它看到桌子上有橘子，就一定要穿越，反之一定不能穿越。
那么机器人穿越回到了第二天，它无法在离开之前保持橘子不在桌子上，否则会引发悖论。（不假设其他因素对穿越者的影响进行修正的原因是太乐巴戈斯的做法就是不让过去的人记住有影响的来自未来的信息）
但是，它可以改变离开之前蓝莓的状态，比如把它放进柜子里。所以历史从“蓝莓在桌子上一直没动”变成了“第二天，穿越回来的机器人把蓝莓放进了柜子”。与此同时，所有人包括它的记忆也会发生改变，它会记得自己穿越之前的时刻，蓝莓就是从第二天开始一直放在柜子里的。（不假设穿越者可以保留记忆是因为在游戏里确实没有人记得其他时间线，哪怕是导致时空穿越现象发生的许愿者海哲、奥琳/弗图、主角。）
②解释“信息回到过去抹消自身的起源，形成时空闭环”：第一天，科学家发现了一种电气鼠，想不出名字。第二天，他想出了名字：皮卡丘，然后把“电气鼠：皮卡丘”写在纸上放在桌子上；而机器人翻了他的笔记，上面没有任何特殊的。第三天，他对机器人的要求是，穿越的目标时间是第一天，在那个时间待一段时间以后穿越回来。而且，如果它看到电气鼠的名字是皮卡丘就一定要穿越，否则一定不能穿越。
这次，机器人穿越到第一天，把“皮卡丘”这个名字提前告诉了科学家，然后穿越回去，科学家知道了这个名字，就不用再去想出名字了。与此同时，它的记忆被修改了，它不会记得前一条时间线的事，而会记得自己穿越之前在第二天找到科学家的笔记上写着“第一天，一个机器人告诉了我‘皮卡丘’这个名字”。
新的时间线的第二天，这个名字还是被写在纸上放在桌子上；新的时间线的第三天，机器人看到的还是这个名字，他还是会选择穿越，悖论没有产生，但是时空闭环形成了。
“皮卡丘”这个名字的起源只存在于那条没有人记得的时间线中，在人们记得的时间线中，这个名字就是没有起源的闭环。

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2.可能是悖缪宝可梦出现在现代的原因的起源的线索
　　我们知道，古代和未来种是版本限定，而且它们在非对应版本的剧情设定上完全不存在于现代，而是留在了古代/未来，没有穿越过来。但是，它们在非对应版本仍然有图鉴说明。
2×7=14只普通悖缪宝可梦的图鉴说明的对应版本描述的是“对应版本的朱/紫之书中的就是它”，非对应版本的是“超自然杂志中描写的和它有些相似”。
三圣兽、三圣剑的悖缪的图鉴说明中，对应版本的只有波荡水和铁磐岩的提到了朱/紫之书中有记载它们，而另外四只完全没提到它们在过去的书里出现过，说明图鉴描述是把朱/紫之书上幻想的缝合神兽只认为是波荡水、铁磐岩，而不认为同时是另外四只；非对应版本的全都是它们和超自然杂志上的相似。
故勒顿、密勒顿的图鉴说明，无论是对应还是非对应，都提到它们在古代作品中出现过，而朱版两只都是“古老的探险记”，紫版两只都是“古老的书籍”。它们两只的完全没提到超自然杂志了。

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　　首先，最明显的疑点是，朱/紫之书都提到了见到的怪物/未知物体的共同特点是“巨大凶暴”/“小巧残忍”，没有例外，也就是说不管哪个版本的这次观测队不可能同时见到了翼大王和铁大蛇。那么它们图鉴提到的“古老的探险记”、“古老的书籍”就不可能是朱/紫之书了。结合朱版两只都是“古老的探险记”，紫版两只都是“古老的书籍”，两个版本是不同平行世界，那么有没有可能在海哲之前，两个世界分别还有其他人，见到了翼大王和铁大蛇两只，然后分别写出了探险记和书籍呢？不过，因为普通悖缪宝可梦的对应超自然杂志可以在对应版本的学校藏书和小匙小径灯塔看到，但是对应版本图鉴并没有提到超自然杂志，就说明图鉴会在有朱/紫之书这样更可靠来源的情况下，放弃提到超自然杂志，所以故勒顿和密勒顿不一定没有在超自然杂志中出现过，而是可能被更可靠的信息来源代替了。
　　另外，既然故勒顿和密勒顿是两个版本都存在于古书上，也就解释了白蕾雅衣服上同时有朱/紫之书的装饰元素，因为它们是来自故勒顿、密勒顿身上的元素。
　　我们可以发现，除了故勒顿和密勒顿，每种悖缪宝可梦都在超自然杂志上出现过，无论是否有朱/紫之书作为论据支撑。那么说明，如果朱/紫之书从未存在，超自然杂志的内容依然会有这些与悖缪宝可梦相似的内容。因为奥琳/弗图在小匙小径灯塔的家里也有两本超自然杂志，说明博士小时候看过它，那么如果没有朱/紫之书，博士依然能够知道悖缪宝可梦们。另外，海哲的观测队认为未来种宝可梦是“神秘的物体”，甚至没有“机器人”这个现代人看到未来种第一个想到的概念，不太可能想得出并许愿召唤未来种，相反，未来种在超自然杂志中拥有一定解释。既然太乐巴戈斯拥有时间穿越能力，那么时间上更靠前的海哲并不一定是更早许愿修改时间线的那个。
　　不过，要让两位博士许愿的那条时间线，时间上更早的海哲这次没有许愿，反而是在修改后的时间线才许愿了，就必须要让博士的许愿对海哲许愿前的经历进行修改。那么，在游戏内能看到的这条海哲有许愿的时间线，导致他许愿的、由时间穿越产生的，且不能是悖缪宝可梦本身的东西是什么呢？答案是金属板和地面奇怪的图案。金属板用到的科技显然来自未来，上面还刻了帕底亚地区和第零区的轮廓，标出了现代帕底亚各个城镇的位置，除非这200年内帕底亚城镇位置不变，这也是对海哲来说来自未来的信息。这些带有谜团的信息会增强观测队的好奇心，更容易许下知道真相的愿望，也对找到零区大空洞有提示作用。从目的上推测海哲许的什么愿望比较困难，但是从结果来看，海哲的许愿是让悖缪宝可梦们出现在了第零区里观测队进入之前。而且，海哲的搭档是摩托蜥，他更可能是让故勒顿、密勒顿来到现代的起源。
　　但是，博士的许愿为什么会让第零区从过去就出现金属板和地面图案呢？上文猜测过，这些图案表示的是第零区和太晶化的真相与规律，那么留下这些图案的人显然是想向后人传达这些信息，而且拥有未来科技制造的金属板、图案出现的时间在过去，都表明此人先去过未来，后回到过去。而且，既然选择了留下难以破坏的图案而不是亲自出场说明，就表明此人能够到达过去和未来，唯独不能来到现代。那么，为什么博士的许愿会创造出这样一个人呢？答案是那个去了梦想的过去与未来，而且上文分析过无论在哪个时代都不能离开太晶晶体区域的、一旦回到现代第零区就会导致时光机重新启动的博士AI。
　　而且，AI明确古代和未来都去过，就有可能是上文提到的在古老探险记/古老书籍里写故勒顿和密勒顿的人了，两个AI的性格也不同，确实可能奥琳AI写探险记，弗图AI写书籍。既然不管哪个版本的海哲都失忆了，但是朱版如果见古代宝可梦不应该失忆，所以猜测他想见到的是金属板和地面图案的作者——博士AI，对他来说是未来人，需要失忆。另外，“铁大蛇”和海哲观测队取的其他未来种名字风格一致，这个名字也不可能是了解现代和未来科技的两个AI取得出来的，说明这只可能是海哲取的，然后AI沿用了，而且不管朱紫哪个版本，“铁大蛇”这个名字都存在于古书中。说明AI第一次见到它们必然是因为海哲在短时间内许下了见到他和它们两个的愿望，所以AI和它们处在同一空间顺便见到了。

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3.具体各个时间线的整理
太乐巴戈斯实现任何一个愿望之前的时间线、一个干干净净没有任何谜团的时间线（0号）：古代/未来宝可梦都在古代/未来生活，而且这些古代宝可梦留下的痕迹完全没有被现代人发现，现代人对古代/未来宝可梦一无所知。
海哲的观测队在第零区没有发现任何一只悖缪宝可梦，也没有发现金属板和地面图案，他也没有许愿，可能是没发现零区大空洞，也可能是选择不许愿。
现代人编写了各种超自然杂志，里面有各种幻想宝可梦，而其中一本的至少20只，可能是22只（14只普通悖缪和三圣兽、三圣剑，可能存在的故勒顿、密勒顿）恰巧和古代、未来存在的宝可梦有些相似。但是这个时间线的这些幻想宝可梦根本没有朱/紫之书、古代探险记/古代书籍来为它们作证据。
这本杂志的这些期数恰好被小时候的奥琳/弗图看见了。研究者们找到了零区大空洞，后来奥琳/弗图制造了时光机，钥匙并不是不存在的朱/紫之书（反而可能是超自然杂志），第一次改变开始。
1号时间线：古代/未来有一些宝可梦穿越走了（虽然是分次的，但是就不写为不同时间线了）。海哲的观测队还是没发现任何一只悖缪宝可梦，也没有金属板和地面图案。
现代，奥琳/弗图的时光机前，出现了悖缪宝可梦，有且只有明确有在超自然杂志上出现的、对应版本的10种，没有故勒顿和密勒顿。博士制造了AI的自己，AI博士因为如果他在研究所就会导致时光机无法关闭而穿越离开现代（AI博士普通地去古代/未来冒险这件事并没有对历史产生复杂的影响，因此不计入不同时间线），并没有拿着不存在的朱/紫之书。
AI博士在古代和未来更多了解了太晶化的真相和规律以后，决定把信息送到现代，但是自己不能去到现代，所以在未来拿了制造金属板的原料和技术，回到古代至少在海哲之前的第零区，留下金属板和地上的图案。第二次改变开始。

正文第9楼
2号时间线：AI博士在被海哲召唤之前并没有见过古代、未来摩托蜥悖缪种，它们也没被任何现代人见过，所以并不存在古书记录它们。
看见金属板和地上图案的海哲可能是因为好奇心而改变了之前时间线的做法，转而决定许愿，也可能是根据“两个三角形”图案提示找到了之前时间线没能找到的零区大空洞。
他先许愿见到了图案的制造者，AI博士，从AI博士那里知道悖缪种以后许愿见到摩托蜥的两个悖缪种，并且给它们自己想了翼大王、铁大蛇的名字。并且他许愿普通悖缪宝可梦穿越到他的观测队来到第零区之前，让它们对新的时间线的观测队来说不是“刚被召唤过来”，而是“被发现一直在”。
AI博士带着知道的翼大王、铁大蛇的名字穿越回过去，悖缪宝可梦穿越到海哲观测队来到第零区之前的时间点，第三次改变开始。
3号时间线（已经和游戏实际发生的时间线很接近了）：AI博士穿越走以后，手上的朱/紫之书并没有丢。
不管哪个版本都在古代刚刚留完金属板和地面图案的AI博士，和生活在原本时代的古代、未来摩托蜥悖缪种被召唤到海哲面前，然后回到被召唤前时间线。然后AI写了同时包含它们两个的探险记/书籍，还采用了海哲从古书（其实就是AI写的这本）上看来的它们的名字，并流传下来了。古代/未来的某些本来要穿越到奥琳/弗图的时光机前的悖缪宝可梦改为穿越到海哲观测队到达之前的第零区。
在观测队到达之前，第零区有古代/未来宝可梦穿越到了。海哲还是根据金属板和地上图案找到了零区大空洞，许愿见AI博士和摩托蜥的两个悖缪种，离开时被删除对未来信息的记忆，以及零区大空洞的位置及表示其的图案含义。
这次他没有许愿要普通悖缪宝可梦穿越过来了，所以这个时间线上看它们出现在第零区的原因并没有出现。
而且，“海哲看了AI写的古书上的翼大王和铁大蛇，知道了它们的名字，才想见它们”抹消了上个时间线“海哲只是因为搭档是摩托蜥，才想要见古代和未来摩托蜥悖缪种，还自己给它们想了翼大王和铁大蛇的名字”的事件起源。因为海哲看了古书，所以召唤AI、朱紫双龙见面，又因为AI被海哲召唤见到了朱紫双龙，所以AI才写了古书，构成了时间闭环。翼大王和铁大蛇的名字同样成了没有起源的信息。
回去后，他在朱/紫之书里写进了金属板、地面图案和普通悖缪种，还加入了队员根据古代/未来种共性幻想出的缝合神兽。
现代，超自然杂志中，对应版本的古代/未来悖缪宝可梦加入了朱/紫之书提供的依据，杂志里可能存在的故勒顿、密勒顿加入了AI写的古书提供的依据。奥琳/弗图小时候喜欢的书从超自然杂志变成了更有依据的朱/紫之书。（不排除朱/紫之书和古书能让杂志不再成为普通悖缪宝可梦的信息起源，让普通悖缪宝可梦们也成为时间闭环）
奥琳/弗图根据朱/紫之书和AI写的古书，用时光机许愿召唤来了对应版本的普通悖缪种、三圣兽/三圣剑、翼大王/铁大蛇。而且给后者自己想名字叫故勒顿/密勒顿。时光机钥匙是博士小时候的朱/紫之书。
AI穿越离开的时候，手上拿着博士小时候的朱/紫之书。
蓝之圆盘剧情结束后，主角在晶光池许愿见到博士，第四次变化开始。

正文第10楼
4号时间线（就是游戏现在看到的时间线，主角也卷入时空闭环中）：（蓝色光盘剧情不是很确定）
AI穿越走后，发现手上的朱/紫之书消失了，其实书是穿越到了被主角召唤到晶光池的博士本人手里。（可能钥匙就是蓝色光盘）
（可能是AI把蓝色光盘扔到过去的第零区的。）蓝色光盘被研究员们发现并交给联盟。（可能在这时记录了它的检测方法）
被主角召唤到晶光池的博士回去以后，记住了故勒顿/密勒顿这个名字。而且发现自己记忆里已经在未来被交换走的小时候的朱/紫之书还在原地，而自己手上确实多出了《零之秘宝》。
（博士可能看了《零之秘宝》以后发现主角未来进入研究所的钥匙是蓝色光盘，联盟会把它交给主角，所以为了防止发生悖论，当时就利用保存的蓝色光盘检测方法，把系统做成认可它为钥匙，而且决定利用太晶强化的超越人类现有水平的科技把时光机钥匙制造成蓝色光盘的样子。）
博士发明时光机并把故勒顿/密勒顿召唤过来以后，用了从未来听过来的名字。（时光机钥匙可能就是蓝色光盘。）而且把时光机钥匙放在了小时候的朱/紫之书里。
博士小时候的朱/紫之书在AI穿越走时被带走。
主角在晶光池召唤博士，博士手里的朱/紫之书是AI带走的那本穿越过来了。主角说了故勒顿/密勒顿的名字，用《零之秘宝》交换了博士小时候的朱/紫之书。

正文第11楼
四、蓝之圆盘神兽剧情梗概***，我来写
重返第零区的队伍加上了派帕、牡丹，是也慈请的。白蕾雅要求主角必须携带厄诡椪，理由是它的面具上也有太晶，说不定有特殊作用。
此外在乌栗把太乐巴戈斯星晶化之前都和原作一样。
接下来不同的是：
　　因为乌栗强烈的感情，星晶化的太乐巴戈斯愿意听乌栗的话尝试替他打败主角，但是还是被主角打败了。失败后的它依然愿意用自己的太晶能量为乌栗实现愿望，但是现在乌栗的愿望已经不是具体的增强战斗力的方法，而是抽象的想成为主角这样的人，所以过于强烈的感情抽干了刚刚醒来尚且虚弱的太乐巴戈斯，乌栗整个人太晶化了，一层半透明太晶薄外壳的颜色和外侧形状变成了主角的样子。
　　而太乐巴戈斯进入自我保护状态，重新星晶化，大功率地把已经送出去实现愿望的力量进行归零吸收回自己身上（乌栗身上的除外），不再听任何人的话，整个零区大空洞的太晶晶体开始迅速向它以前端生长蔓延、后端消散的方式靠拢。乌栗尝试把它收回球里，大师球破坏。主角团虽然放出所有宝可梦想阻止，但还是失败，退路被堵，被和太乐巴戈斯，以及自己的所有宝可梦一起镶嵌进同一大块太晶晶体中。乌栗除外，他可以自由行动但不能走太远，但也可以看到上述景象、进行精神对话。
　　主角团的精神被吸收到太晶晶体中，他们看见了太乐巴戈斯能看见的，所有时空中有太晶晶体的地方，甚至也可以从自己眼睛以外的视角看见被封在太晶中的自己，可以互相用精神对话。它正在把以前实现过的穿越时空的愿望归零，因为这个消耗能量最大。就是把4号时间线一条一条地“归零”回零号时间线。

正文第12楼
4号到3号：白蕾雅之前在入口的书桌拿上了博士的笔记来看，她发现笔记上穿越到未来与主角的相见内容，先是被删除记忆的部分恢复了，然后按照时间从末尾开始删除，最后笔记完全变成了无关内容。
3号到2号：主角团看见200年前的零区大空洞，海哲在许愿，但是到来的AI、翼大王、铁大蛇消失了，接着海哲进来时手里的古书重印本也消失了。
　　于是现在时间点的故勒顿/密勒顿消失了，白蕾雅衣服上它们的元素也消失了。同时，4号观测站博士复活，快速传送到研究所，坐电梯赶到太晶晶体外侧，用他的宝可梦尝试攻击。
　　然后过去时间点的时间再度往回退，进入第零区的观测队往回退出去了，200年前第零区的悖缪宝可梦一只一只地消失。
　　现在时间点白蕾雅手里的朱/紫之书里面悖缪宝可梦的内容全部消失了，因为失去了古代/未来元素，最后失去了朱/紫之书的名字和外观，变成了普通探险记，白蕾雅衣服上朱/紫之书元素开始继续消失，最后变成普通衣服，只剩下太晶标志的耳环没变。
2号到1号：现在时间点第零区的金属板和地面图案消失，白蕾雅手上探险记里金属板和地面图案内容消失，这回探险记因为没有足够信息而根本没有出版，白蕾雅手上的是家传的。同时研究所时光机房间，AI博士没穿越走，时光机重新启动，开始利用里面储存的暂时只受时光机本身控制的太晶能量传送来悖缪宝可梦。AI博士发现电梯停在零区大空洞层，说明那里有人，于是坐电梯下来呼救，手里还拿着藏有时光机钥匙的博士小时候的超自然杂志。
1号到0号：响起机器的提示音说时光机失控，已经停止送来悖缪宝可梦，时光机里的太晶能量以晶体形式从电梯井里延伸下来到太乐巴戈斯身上，过去的时间里被博士召唤来的悖缪宝可梦一只一只地被传送回原来时间，主角的悖缪宝可梦消失，替换为仓库里的宝可梦，博士和AI博士手上的悖缪宝可梦不断更换，最后变成了0号时间线没见过悖缪宝可梦的话会带的普通宝可梦，大部分是悖缪宝可梦的原型，因为这条时间线的博士还是很喜欢只存在于超自然杂志里的悖谬宝可梦。

正文第13楼
　　接下来，历史上其他的穿越与强化也被收回，收回到AI的时候AI当场倒地变成废铁，直到收回到厄诡椪面具的时候停下来了，因为如果继续收回，乌栗黑化的历史就会改变。也是因此，厄诡椪身边的太晶晶体放了它出来。趁此，博士和AI，以及乌栗和厄诡椪联手战斗让太乐巴戈斯冷静下来，其中厄诡椪是最强的战斗力。此时厄诡椪因为看到刚才曾经搭档与它的相遇的景象倒流而害怕，对博士和AI不信任，更加信任乌栗，乌栗安慰它并指挥它战斗。
　　星晶化太乐巴戈斯被打败，主角团从太晶晶体里脱身。派帕提出不直接还原时间线，而是从现在的时间线开始尝试改变历史，拯救博士。白蕾雅看见海哲的观测队变成什么都没找到而开始崩溃，要求一定要还原海哲的历史，而她的阵容随着历史改变了，保留的只有记忆，新的时间线上她没有沉迷研究（本来研究的东西根本不存在）而是成为了有一定强度的训练师，发起了挑战，想要抢夺乌栗身上的太晶能量。乌栗刚刚大战过，力有不敌，但是主角、派帕、牡丹帮了他。其中派帕发现，这个时间线的自己比较强的只有獒教父，而没有走传说之路，没有原来时间线那么强；牡丹倒是没变化。
　　最后所有人同意，暂时让乌栗来实现愿望、提供太晶能量，暂时让太乐巴戈斯不做任何事，历史改变完成以后再让乌栗把剩余能量还给它。
　　方案是博士一开始就不设置如果AI不离开就导致时光机关不了，然后在博士救下故勒顿/密勒顿那天，多给AI一些太晶能量，让AI可以离开研究所，代替博士去第四观测站，因为AI坏了可以修。这个成功了，然后过去主角的传说之路由真博士说话，不和主角说话时修复AI，牡丹也在帮忙修复。最后归乡之路时AI修复得只能用一小段时间，所以最后穿越不能让AI来，上升进入时光机只是暂时在本时间、空间内藏起来，没有穿越，等过去的主角团走了以后把AI接出来，穿越就让真博士去穿越，等完成了在历史上的任务以后回来到穿越走以后不久时间点，继续修复AI。
　　穿越回来的博士直接老了几十岁，也失去了对未来的绝大部分记忆，但是对古代的记忆还是有的，也记得游戏里有的未来种宝可梦。对外就说是时光机的事故导致的。然后历史修复完成，博士继续修复AI，而主角团从归乡之路刚刚完成的时间点，回到从蓝莓学院重返第零区以后，太乐巴戈斯刚刚失控的时间点。乌栗把力量还给太乐巴戈斯，说他对力量的过度追求伤害了很多人和宝可梦，而且看到了历史、完成了修复历史以后，认识到除了战斗力以外自己还有很多可以做的，而且现在和厄诡椪的关系也更好了。还有，再强的人也有需要帮助的时候。然后主角收服太乐巴戈斯。

正文第14楼
　　从零区大空洞坐电梯去到上层的研究所，见到了现在的博士，以及先修复了“大脑”，坐在轮椅上的AI博士，还有派帕的父母中没有得到名人堂徽章的那一个，因为前夫/前妻出事故老了几十岁而定期来看望，博士说今天有关于他们的一件很重要的事情发生，所以约了今天作为拜访的日子，看来这件事就是主角团的归来。他说当初是橘子/葡萄学院追求的传统/创新和他追求的不一样，而且自己喜欢的古代/未来宝可梦被嘲笑只在超自然杂志中存在，而没有朱/紫之书的那么可靠，所以才顶不住压力离开了，而现在确认自己喜欢的它们其实也存在，他的研究热情又燃起来了，自己等太乐巴戈斯恢复一些力量以后也可以许愿，带它们过来，或者不行的话就只是见见面。
　　妮莫也来了，说她终于把也慈托付给她的工作忙完了，来迎接他们。她一看见乌栗这个蓝莓学院前冠军就拉着他要对战，但是被暂时推掉了。乌栗看到妮莫这样已经输过的冠军级也能这么开心，好一些了。主角团也把事情跟妮莫说了，丹瑜还说如果妮莫去了的话要抢她风头，因为她的任务也是对战。
　　妮莫、派帕和牡丹回到橘子/葡萄学院，主角、乌栗、丹瑜、白蕾雅先回到蓝莓学院。白蕾雅说她那次冲动让她不配当老师了，她回去就辞职，然后把《零之秘宝》写成书出版，接着打算去第零区研究所工作。
完