根据你提供的信息，大疆Mini 2 SE在开机时提示IMU需要校准，但等待一段时间后就没有了。这可能是由于以下原因：
1. 开机自检过程需要时间来检查和初始化设备组件，包括IMU传感器。如果在这个过程中出现任何问题或异常情况，就会触发警告信息。
2. 如果你的飞行器之前遭受过撞击、摔落或其他冲击力较大的操作，可能会导致内部部件松动或者损坏，从而影响其正常工作状态。此时需要进行维修服务以确保设备的正常运行和使用安全。建议联系售后服务中心进行咨询和处理。