沿海葡萄牙人的出现，给大明造成了巨大的冲击。在广东、浙江、福建等地，葡萄牙人的舰船与火炮，向大明展示了威力，也刺激了一批士大夫，乃至喊出了“师佛郎机以制之”的口号。葡萄牙人对贸易的执着与热情，在福建、浙江沿海得到响应，“漳闽之人与番舶夷商贸贩方物，往来络绎于海上”。被巨大利润吸引而来的中国商民，不顾禁令，前赴后继投入到航海事业中去，这让大明王朝惊愕不已。
明中期之后，南方一带在经济上得到大发展，逐渐产生了一些与农业分离的手工业作坊。如江南、广东等地，对海外贸易的需求更为迫切。以常理论，海禁必然会进一步放宽。但恰恰相反，到了嘉靖年间，海禁政策反而加强了，对海外贸易的控制也更严格了。嘉靖二年(1523)，因日本大内氏和细川氏使臣“争贡”，在宁波引发暴乱。结果，祸及赶来阻止暴乱的明朝将领，几员武将被大内氏家臣所杀。

争贡事件后，嘉靖三年(1524)四月，明廷下令：福建、浙江、广东沿海，凡是与海外各国船只私下贸易、私代番夷收买禁物、私造违规海船、私将应禁军器出境的，都要论罪。嘉靖四年(1525)，浙江巡按御史潘仿上奏，请严查漳州、泉州府军民私造双桅大船。兵部规定：“查海船但双桅者，即捕之。所载虽非番物，以番物论。俱发戍边卫。”嘉靖八年(1529)十二月，官方规定：“势豪违禁大船，悉报官拆毁，以杜后患，违者一体重治。”嘉靖朝虽不断打击沿海海外贸易，可海外贸易已无法遏制，而官方的打击则激起了进一步的反弹，诱发了嘉靖朝的倭寇之患。

此时的日本，由于吹灰法炼银技术的使用，白银供给充足，从事海外贸易的中国商人，则迫切需要白银。日本各大名领主对中国商品有着强烈需要，手中又有大量白银，争先恐后地对华贸易。当时日本国内的各类消费，离不开中国的商品，中国货品运至日本即能卖出高价。嘉靖朝时，昆山人郑若曾记录，如果船只不通，贸易不畅，则日本国无丝可织。日本生丝时常匮乏，每百斤值银二百两。针为女工之用，如果不进行走私贸易，一针值银七分。日本虽有铁锅，但无大锅，一锅值银一两。中国有商品、日本有白银，利润如此之惊人，任何禁令都不能阻止双方的走私贸易了。

争贡事件后，明朝对日本的合法贸易断绝，海上非法的武装走私开始猖獗，由武装走私又发展为劫掠沿海各地。嘉靖十八年(1539)、嘉靖二十六年(1547)，日本两次遣出使团，试图改善与明廷关系，恢复贸易，最终无果。一些日本大名领主，在牟利之路断绝后，转而更加支持各地浪人与中国海商（寇）结合，从事海上劫掠，骚扰中国沿海。
中国南方各地所生产的丝绸、瓷器、铁锅等物资，需要广阔的市场。沿海各省经历长期稳定后，人口也在不断增长，人口与土地的矛盾也开始涌现，朝廷赋役逐年加重，各地民不聊生。嘉靖朝的海禁政策，影响了各地对海外的贸易，断了大量走海谋生的平民生计。从事海外贸易为明廷所禁，从豪门望族到一般平民，开始武装起来，对抗朝廷。沿海的大批中国海商，在朝廷持续不断的压力之下，逐渐与倭寇合流，共同从事武装劫掠，如“嘉靖十九年，贼首李光头、许栋，引倭聚双屿港为巢”。

嘉靖朝之前，倭寇一直存在，明廷对民间贸易的打压政策也一直存在，但嘉靖朝有了不一样的变数，那就是葡萄牙人的加入。葡萄牙人与中国海商、日本倭寇合流，共同冲击着朝贡秩序。浙江双屿港成为亚洲经济的中心，中国、葡萄牙、日本、琉球，以及东南亚各地商人于此从事贸易，直到嘉靖二十七年(1548)，明廷大兵压境，驱逐双屿港各股海上势力，但海疆并未平定。
葡萄牙人提供了犀利的火器，日本提供了善战的倭寇，再结合熟悉中国沿海情况的中国海寇，最终形成了嘉靖大倭寇。嘉靖三十一年(1552)，漳、泉等地海贼，勾引倭奴，驾船千余艘，自浙江舟山、象山等处登岸，流劫台、温、宁、绍间，攻陷城寨，杀戮居民无数。嘉靖三十二年(1553)三月，王直勾结倭寇，大举入寇，连舰数百，蔽海而至，声势浩大，滨海数千里，同时告警，昌国卫等处被攻破。

在明廷内部，就实行海禁也存在较多争议，有严禁派与松弛派之分。葡萄牙人迁至福建、浙江从事贸易后，广东税收减少，广东巡抚林富高呼：“番舶不至，则公私皆窘。”林富公开呼吁，应开通海外贸易，并列举了互市贸易的四利：“抽分取余，足供御用；可充军饷，以备不虞；小有征发，可临时调剂；小民懋迁，以为衣食。”嘉靖四十三年(1564)，福建巡抚谭纶上奏，请松弛海禁：“闽人滨海而居，非往来海中不得食，自通番禁严，而附近海洋鱼贩一切不通，故民贫而盗愈起，宜稍宽其法。”

在明廷内部，就实行海禁也存在较多争议，有严禁派与松弛派之分。葡萄牙人迁至福建、浙江从事贸易后，广东税收减少，广东巡抚林富高呼：“番舶不至，则公私皆窘。”林富公开呼吁，应开通海外贸易，并列举了互市贸易的四利：“抽分取余，足供御用；可充军饷，以备不虞；小有征发，可临时调剂；小民懋迁，以为衣食。”嘉靖四十三年(1564)，福建巡抚谭纶上奏，请松弛海禁：“闽人滨海而居，非往来海中不得食，自通番禁严，而附近海洋鱼贩一切不通，故民贫而盗愈起，宜稍宽其法。”

隆庆元年(1567)，新皇登基，福建巡抚都御史涂泽民上奏：“请开海禁，准贩东西二洋。”在涂泽民看来，东洋吕宋、苏禄诸国，西洋交趾、占城、暹罗诸国，素来与明廷友好，并无侵叛之举。因为对日本严行海禁，而将东西洋诸国牵连，大为不妥，不如在漳州海澄镇，开关贸易。
反对者则高举春秋大义、祖宗名分加以反对。如王忬认为：“臣惟春秋之义，每严于华夏之限；而祖宗之制，尤重于倭寇之防。”归有光认为：“元人有言，古之圣王，务修其德，不贵异物。今往遣使奉朝旨，飞舶浮海，以唤外夷互市，是利于远物也，远人何能格哉？”

在嘉靖、隆庆二朝，北方边疆持续发生冲突，俺答汗实力雄厚，在与明廷的战争中丝毫不落下风。嘉靖二十九年(1550)，俺答汗由古北口直扑北京，造成土木之变后明廷最大的危机，史称“庚戌之变”。处理俺答汗带来的危机，耗费了明廷巨大的财力与精力。至隆庆帝登基之后，为了早日平定北方边疆问题，明廷不希望再在南方海上出现波澜。
虽有反对的声音，但现实的利益，倭寇（海寇）的压力，势家豪门的运作，处理北部边疆的考虑，使明廷最终在隆庆初年，选择开关。隆庆开关，是明廷面对日益兴盛的民间走私贸易，海商（寇）集团武装逼迫的被动反应，它未从根本上改变明廷与民间海贸商人的冲突。开关之后，民间走私贸易依然繁盛，沿海各种冲突依然，只是不再称之为“倭寇”。

隆庆开关之后，船只出海贸易地定在海澄。海澄，史称月港，位于福建省南部，在漳州城东南五十里。嘉靖四十五年(1566)，从龙溪县、漳浦县二县各分出部分区域，独立为县，此地“外通海潮，内接山涧，其形如月，故名”。
月港地理位置较偏僻，也不是深水良港，船只出海时需要数条小船牵引，不受官府重视；此地山涧环绕，隐蔽性好，利于走私船隐藏。早在景泰年间，商船多在此进行走私贸易，中外商船“皆往漳州府海面地方，私自驻扎”。由于海外贸易，成化、弘治年间，月港呈现繁荣景象，“浙人通藩，皆自宁波定海出洋；闽人通番，皆自漳州月港出洋”。自正德以后，月港豪门多私造双桅大船，泛舟洪波巨浪之中，从事海外贸易。

隆庆开关，是朝贡体系的一次巨大改变。往昔朝廷牢牢控制下的贸易大门，至此打开了一道缝隙。隆庆开关之后，月港成为东达日本、西接暹罗、南通东南亚各地的重要港口。隆庆开关后，由督饷海防同知管理海外贸易。由此民间海外贸易，取得合法身份，不再是非法勾当。隆庆六年(1572)，月港所收税饷仅数千金。四年之后，万历四年(1576)，税饷溢额至万金。万历十一年(1583)，累增至二万有余，万历二十三年(1594)，“饷骤溢至二万九千余两”。

明中期之后，与葡萄牙人控制的满剌加、西班牙人控制的马尼拉的贸易，占据了月港的极大比重。吕宋距离漳州最近，在月港对外贸易中占据了首位。1588年以前，马尼拉每年从中国输入总值二十二万比索（比索，主要在前西班牙殖民地国家使用的一种货币单位）的货物中，各种食物如面粉、糖、饼干、奶油、香橙、胡桃、板栗、菠萝、无花果、李子、石榴、梨、其他水果、咸猪肉及火腿等，一共只值一万比索，其余大部分为丝织品，包括花缎、黑色及带有彩色的缎子，金银线织成的浮花锦缎，及其他丝织品。
但月港的开放，仍然是有限的，存在着诸多先天不足。

首先，海商需要向官府申请文引，缴纳税饷。隆庆六年(1572)，以海防馆为督饷公馆，海商先向海防馆申请船引（商引），海防馆在对出海商船的规格、载货、人员及目的地进行登记之后，才发给船引，据此征收税饷。海商缴纳一定税饷，即可合法出海，与各国互市贸易。船引有定额，初为八十八张，后扩大到二百一十张。引税之外，尚要缴纳水饷、陆饷和加增饷等。在海防馆改设为督饷馆后，官方收税日益加重，官吏从中贪污，最终造成了月港的衰落。

其次，只有特定地区的中国商人才能从月港出洋对外贸易。初期月港只允许福建漳州和泉州等地商人出海贸易，后来扩展到福州、兴化等特定沿海区域的海商出洋。且从事贸易的船舶，还要实施船引制度、船户保甲制、众船连坐制等，受到颇多限制。此外，不许外国船只进港贸易，海外各国朝贡船只只能泊于广州。
再次，不许中国商人出洋与日本贸易。“许其告给文引，于东西诸番贸易，惟日本不许私赴。”官方禁止前往日本贸易，可高额的利润，吸引着大批中国商船前往日本贸易，明廷又要加以打击，于是原本平息海寇的目标难以达成。