以下都是我自己根据幻3游戏现有内容推测的
首先开场cg没有完全呼应，我们都知道幻想三国志系列的开场cg是跟游戏本体内容有联系的，幻1cg讲的是游戏开始前主角爹娘调查蚩尤墓的过程，幻2cg讲的是男女主角前世之事，既然以前的cg思路很成功，依照这个以前的成功思路来看，幻3的cg应当也和游戏本体内容有关系，然而实际上只有最后打大蛟的cg出现在默心结局里。前边的张捷指挥黄巾军大战官军，以及张捷施法和默心投掷环刃的内容全部没用上。
第二是主角团的人物身世也没有完全讲明白，首先夏皓的父亲定为失踪，游戏内容里也完全没有提及，这也在以前作品的思路里是没出现过的，前两作男主角父亲都交代得很明白，女主角的父亲也都有提及。而且如果不想写父亲的事情，直接把主角设定为早年丧父对现有的游戏剧情也没有什么影响，主角有前世设定，但缺乏对其的描写，快结局了才讲明。再就是瞳影，对故事主线基本没有影响，和啸月绑定行动，这个设置类似于幻2里的瑶甄和夏侯翎，但是夏侯翎对主线的影响比瞳影大，而且还有解释个人故事的单元回。温铭和马元义的设置类似于幻1百玥和糜香，技能一样，但是这两个人的性格没有1代那样分别鲜明，在主线剧情里马元义还好，温铭在主线剧情里的影响也很小。唐周这个人对他叛变的动机铺垫不够，他叛变的主要原因是前世夙愿和情缘，但是都是在最后一股脑倒出来，还是全靠台词，前期没怎么提及。这种叛变的人前两代都做得不错，1代温青2代沈嫣，把前世和情缘铺垫得很好。水湘灵这个人的人物设置全游戏也没多少用处，首先她是安息人，其次是佛教徒，还是医生。这三个身份里只有医生身份在游戏里有所体现，其他两个身份去掉也对现在的剧情没有影响。
第三和前代的联系没有完全对上，2代结局提到张角、董卓、吕布、韩靖先后脱离道天的控制，其中吕布、韩靖是2代内容，但根据游戏目前内容来看，张角的行为很难说是自己摆脱控制，实际上是自起义以来张角一直处于道天和云空的斗法中，也一直是以力量改变世间的践行者。除了想与朝廷和谈这点，可和谈是个骗局，张角因此而还死了，这种情况也难说是摆脱控制，只能说是意外。还有就是太阴之女的问题，1代最后也没说为什么要教姬霜招鬼术的原因，这一代又出现了代代都是太阴之女的玄机宫和青年雷卞，可最后也没填这个坑。
第四就是本作剧情里埋下没回收的伏笔，首先就是夏皓找张捷解释的时候，发现了张氏兄弟所练的功法不对劲，但是后来也没有相关剧情，我个人认为这个应该就是原剧情所埋伏笔，未来得及改。再就是打败最终boss后，张捷没有对太平道的师兄弟们有所交代，这个结局也比较仓促，不太符合游戏里对张捷人物性格的塑造，我个人认为这是因为原剧情在太平道三兄弟死亡后，还有后续相关黄巾军剧情，结果现在的剧情去掉了后续剧情，所导致在人物塑造上出的bug。再有就是游戏提到黄帝的先锋7兽族，但是游戏里只有4兽族有相关剧情，那其实一开始就说是4兽族也对现剧情无影响，我个人认为原剧情设计的就是7兽族相关事件对应7晶玉。
综上所述，我个人认为幻3是一部未完成的作品，在2代的成功后，可能是跟项目管理有关，参考1代换编剧和仙剑2制作过程中的分歧，项目组在制作3代时中途改换了开发方向，导致原有素材不能使用，在项目工期的逼迫下，做出了现在的幻3。个人认为以现有的情况分析，幻3原剧情中的历史线剧情至少要做到徐州相关剧情，这样才能对得上水湘灵的佛教徒背景和张捷的人物塑造。