与v0.31.24版本比起来，v0.40.25版本的改动还是比较大的。主线剧情任务进行了调整，删除了一些任务同时也加入了一些新的任务，武器和装备有了更新，多了一些枪械，多了几种6级护甲，加入了投掷物。敌人新加入了紫色阵营，但没有任何剧情，敌人的AI有了一些变化，整体上更好玩了一些。
主线在遭遇怪异水晶被神秘人所救，在下水道基地里与其对话之后，后续的剧情依然没有做。绿军和深红公司在未选择阵营前声望最多只到599，后续的任务和声望必须在选择阵营之后才能触发，这次深红公司直接搬进了绿军基地，不需要再每次跑到港口对话了，在选择阵营之后，依然可以在主基地与二者交易，但敌对方的高级物品会被锁定，只能通过野外战斗或者箱子里拾取。二者的后续剧情基本是一样的，最终都是在战争任务结束后剧情暂时结束，所以二者选择谁都是一样的，没有本质的区别。
建造系统依然没有变化，主要的材料来源依然是垃圾先生，钥匙系统也是以前那些，炼油厂任务彻底都取消没有去的必要了。野外新加入了一些元素，BOSS级敌人增加了一个，商场里会随着阵营任务的推进出现盟友的据点。圣诞老人会出现在每张地图，给他牛奶会呼叫来一次圣诞空投，空投会有大量敌人或者高级敌人把守，空投内容与普通空投基本一样，但有几率开出圣诞装备。
游戏系统上比之前的版本稳定，完全没有出现死机跳出的情况，但敌人多的时候偶尔会出现慢动作。但v0.40.25有个比较致命的问题就是存档会偶尔失效，基本是发生在你关闭游戏之后。对应这个解决办法是，首先在AppData—Local—ZERO_Sievert文件夹里找到save_shared_1这个存档文件，在你想备份存档时，将游戏退到主界面，然后把这个文件保存在别的地方，尤其是在每次你想关闭游戏之前一定要把存档备份好再关掉游戏，这样当你下次打开游戏时如果存档失效，那么你先新建一个人物进入游戏，然后选择退到游戏主界面，把你之前的存档备份复制到AppData—Local—ZERO_Sievert文件夹里替换，再选择继续游戏，就会回复之前的存档了，如果一次没有回复，就多重复几次。

用以上的方法，可以在选择派系之前把存档备份，然后分别选择绿军和深红公司，保存3个备份，这样就不需要把未选派系之前的内容重玩了，尽量把共通任务都做完了再选阵营，免得还得刷两次。
酒保的主线任务，绿军任务，深红公司任务都是分开的，依然是酒保任务做到一定进度开启绿军和深红公司。酒保的主线依然是调查水晶之后杀15次商场BOSS。选择绿军或者深红公司之后，两边的任务基本一样，都是到战争任务结束。
最后由于任务发生变化，奖励物品栏的任务变少了，如果任务奖励默认为1，不杀森林老人的话，现在只能得到1个物品栏奖励，所以要想开满14个物品栏，任务奖励一定要设置为最高的5个才行。