宁启线在南京枢纽内缺乏独立客运站场及相关正线，依赖京沪线林场-南京普速场段运能与南京普速场接车能力，客运能力受到极大约束，南京站始发终到列车加开比较困难；宁启线殷庄-高里/林场、南京联络线南京普速场-（兴卫村）-仙林线路所无贯通的CTCS-2列控设备，开行动车组车型与车次种类受限，限制了枢纽功能的发挥，宁启线因浦口北-殷庄区间存在与扬子石化乙烯专用线并行共用路基的路段，无法进行CTCS-2级列控加装改造。
宁启线-宁蓉线直通动车组在南京枢纽内高里-永宁镇上行方向理论进路存在占用京沪线能力问题，而京沪线在南京枢纽内尚未实现任何有效的客货分线措施，只能采取特殊进路避开京沪线，导致实际运行时上行列车在高里站内较长一段时间逆行下行线（占用时间长达四分钟）。
新南京北站的建立为宁启线的客车提供始发终到作业、经停的条件，结束其长期依赖京沪线与南京站导致客运能力受限的状态，然后是对宁启线线位的调整，调整目标是三个，一是将其正线接入宁北普速场，二是利用京沪货线实现其货车的外绕，三是保留其客货车去南京站方向的顺向直通条件。具体实施方案如下:现有浦口北站站场、宁启线浦口北至高里、林场两个方向的正线及乙烯专用线全部拆除，在原正线与乙烯专用线分离处设置毕庄线路所引出新建正线，新建正线沿原乙烯专用线通道（同时也是京沪货线的通道）延伸，外包京沪货线布置，最终外包京沪客线引入宁北普速场东咽喉。同时在永锦路线路所设置渡线以满足毕庄线路所-林场进路条件，确保宁启线客货车具备顺向运行至南京站、南京东站的条件。自毕庄线路所沿原宁启线线位建设货线，在浦口北线路所接轨京沪货线，以确保宁启线货车具备外绕宁北去高里方向的条件。吸取之前宁启线直通车底受限的教训，南京枢纽有可能也利用此次还建的机会对宁启客线（殷庄-宁北普速场）、京沪货线（林场-高里）、京沪客线（林场-宁北普速场-高里-永宁镇）、宁启浦口北联络线全部以CTCS-2贯通，保证殷庄-林场-永宁镇这个大三角各点之前CTCS-2无死角贯通，从而发挥其应有的枢纽通道功能。沪宁城际与宁淮高铁作为350公里级线路普遍运行350公里级动车组列车，必须全程以C2贯通），为宁启线接入350公里级线路创造条件。
南京北站完工后，宁启正线（客车）：宁北普速场2/8道（东咽喉）-（南咽喉）永锦路线路所3/4道（北咽喉）-殷庄-六合-仪征-（吕四）；宁启浦口北联络线：浦口北线路所-殷庄，南京北站枢纽工程全部完工后宁启允许直通经由如下:南京普速场-（京沪线）-林场-（京沪货线）-永锦路线路所1/2道-3/4道-殷庄。此经由可运行以下几类列车:宁启线在南京站始发的客车，宁启线去宁芜线（门南村方向）的客车或货车，宁启线去宁东编组站方向的货列。东葛-永宁镇-高里-宁北普速场-永锦路线路所3/4道-殷庄。此经由可运行以下几类列车：京沪线（东葛方向）直通宁启线（殷庄方向）的客车，如现在的南通～北京Z29/30、吉林-南通K1983/4、西安-南通K59/60等车理论上均可按经由增加宁北普速场办客；在南京枢纽始发终到的宁启线（殷庄方向）客车，如南京-如东K8394、南京-启东C418、南京-上海C3862等列车可视情况转移至宁北普速场始发或宁北普速场办客，减少京沪线林场-南京普速场段能力占用。东葛-永宁镇-高里-浦口北线路所-殷庄。可安排京沪线（东葛方向）与宁启线（殷庄方向）直通货列运行，在宁北普速场能力紧张情况下也可安排相关直通方向的客车运行，从而减少宁北普速场接车能力占用。全椒-亭子山线路所-永宁镇-高里-（京沪客线）-宁北普速场-永锦路线路所3/4道-殷庄。该经由可供以下几类列车运行：宁启线（殷庄方向）直通宁蓉线（全椒方向）的动车组，如汉口-上海虹桥D3089/90、宜昌东-南通D3158/7、汉口-连云港D2883/2等，上述列车均可在宁北普速场增加办客，增加客流来源。宁启线（殷庄方向）直通宁蓉线（全椒方向）的货列，但现阶段宁蓉线合宁段受限于南京枢纽总体布局，被京沪高铁、宁杭高铁直通客运占用，难以腾出货运运力；全椒-亭子山线路所-永宁镇-（京沪货线）-高里-高里东线路所（上行）-浦口北线路所-毕庄线路所-殷庄。该经由理论下可供以下几类列车运行： 宁启线-宁蓉线直通货列。但是由于南京枢纽总体规划问题，宁蓉合宁段被京沪高铁、宁杭高铁等客专直通占用，合宁段货运运力难以腾出；宁启线-宁蓉线直通客车。该经由在高里站与永宁镇站的进路均可实现完全避开京沪线，不对京沪线调度造成干扰，相关经由直通动车组在南京北普速场作业繁忙或咽喉占用紧张的情况下可按此经由运行。