16SrDNA鉴定是指用利用细菌16S rDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。
16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列(V4区或V3-V4区)进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。
应用主要是：细菌分类及种属快速鉴定、各种属菌的丰度情况。其优点是不需要对细菌进行分离培养，能鉴定到许多不能培养的，未知的新菌种；方法直接便捷且速度快。其缺点是由于种间差异小，16S不能鉴定到种，需要其他手段如（宏蛋白组，宏代谢组）补充
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