四大超门被重新划分，被称为单体超门，前殖超门和后殖超门的三个类群分类位置基本不变，但是第四个超门不再归属于他们的最近共同祖先，而是另一只小球藻分化出去的生物。暂时没有确定第四个超门的生物类型。
三胚层划分被重新规划，现在他们按照在演化史中出现的时间顺序被命名为原胚层，渐胚层和新胚层。