常见的肾脏疾病，医学上常按患病部位、病因、病理来分类。按患病部位可分为肾小球、肾小管、肾间质和肾血管（肾动脉、肾静脉）疾病。这是在临床上首先需要明确的。而进一步需区别原发性、继发性、先天性或遗传性、细菌感染性、肿瘤或结石等。如果做肾穿刺活检进行病理诊断则可以更进一步明确肾小球、肾小管、肾间质疾病的部位、分期、严重程度，明确病理类型并能指导临床治疗及判断预后。
如果按照病因、部位分类，常见的原发性肾小球疾病是指急性肾小球肾炎、急进性肾炎、肾病综合征、慢性肾小球肾炎及按免疫病理分类的IgA肾病、IgM肾病等。继发性肾脏病是指全身性疾病或其他器官疾病引起的肾脏损害。这类疾病常见的有系统性红斑狼疮性肾炎、过敏性紫癜性肾炎、糖尿病肾病、高血压肾小动脉硬化、尿酸性肾病等。细菌直接感染引起的肾脏疾病主要有泌尿系感染（肾盂肾炎、膀胱炎），肾结核等。先天性或遗传性肾脏病包括家族性遗传性肾炎、多囊肾等。肾肿瘤和肾结石也是常见的泌尿系统疾病。