南安市的河流主要属晋江水系和沿海水系,水系呈羽状。全市河流总长度325.9千米,河网密度0.16千米/平方千米。境内主要河流晋江干流东溪、西溪,由北西往东南分别流经北部和中部,在丰州镇溪洲村汇合成金溪,为晋江下游,后向东南流经金鸡拦河桥闸,于丰州出境流入鲤城区注入泉州湾。东溪发源于永春县北部的雪山南坡,经永春入南安九都,后流经码头、梅山、洪濑、康美、美林,至丰州镇溪洲村与西溪汇合。东溪南安境内长60千米,流城面积900平方千米。西溪发源于安溪县桃舟乡达新村云中山梯仔岭,经安溪入南安仓苍,后流经美林、溪美、霞美,至丰州镇溪洲村与东溪汇合。西溪南安境内长40千米,流城面积600平方千米;属沿海水系的河流主要有鹏溪(又名九十九溪)、九溪(又名大盈溪)。鹏溪发源于东田大旗尾山,流经柳城榕桥、霞美沃柄,至官桥下洋流入晋江磁灶溪。鹏溪南安境内长20千米,流域面积182.4平方千米。九溪发源于官桥镇与同安区交界的铁峰山南坡,流经官桥九溪村、水头文斗村和大盈村,至五里桥注入石井江。九溪全长32千米,流域面积159平方千米。