简单的回答是：“能用”（默认你手中的游戏是日文版）。只要订阅信息是和你游戏语言一致的，就OK，它不会管你eshop【此时此刻】身处哪个区服。
但为了避免后来搜到贴子的人产生阅读歧义，建议仔细阅读下面写得比较啰嗦的部分，并对号入座。
前言：
刚购买的港区/日区的Music Pass订阅信息，不会因为你转去日服/港服就失效不见。它仍然绑在号里继续生效。

楼主的情况：
手中的游戏是【日文版】，eshop账号是【港区】。
你把eshop转到日区，买了日区的Music Pass，再转回港区。
现在你拥有的是【日文版】游戏、【港区】账号、【日文版游戏】的Music Pass订阅信息。可以在日文版游戏中正常游玩订阅曲目。
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楼主的情况~if《重要！》：
手中的游戏是【中文版】，eshop账号是【港区】。
（假设你想要贪便宜，用汇率更划算的日元订购Music Pass给中文版游戏用。）
你把eshop转到日区，买了日区的Music Pass，再转回港区。
现在你拥有的是【中文版】游戏、【港区】账号、【日文版游戏】的Music Pass订阅信息。由于订阅信息和游戏版本不匹配，这笔订阅费白花了。不能游玩订阅曲目。（相当于游戏是《宝可梦 剑/朱》，却买了《宝可梦 盾/紫》的扩展票，白花钱了。）

情况3（中文版游戏玩家的1个标准操作）：
手中的游戏是【中文版】，eshop账号是【日区】。
你把eshop转到港区，买了港区的Music Pass，再转回日区。
现在你拥有的是【中文版】游戏、【日区】账号、【中文版游戏】的Music Pass订阅信息。可以在中文版游戏中正常游玩订阅曲目。
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情况4（意义不明的撒钱行为）：
手中的游戏是【日文版】，eshop账号是【日区】。
你把eshop转到港区，买了港区的Music Pass，再转回日区。
现在你拥有的是【日文版】游戏、【日区】账号、【中文版游戏】的Music Pass订阅信息。由于订阅信息和游戏版本不匹配，这笔订阅费白花了。不能游玩订阅曲目。（相当于游戏是《宝可梦 剑/朱》，却买了《宝可梦 盾/紫》的扩展票，白花钱了。）
而且更重要的是，Music Pass订阅费，港服比日服来得要贵。这一通操作的目的是什么？为了多掏订阅费吗？纯属意义不明的撒钱行为……