银河系的超空间突然出现异常，在异常区域内进出超空间的舰船都被未知的敌人摧毁。异常区域逐渐靠近希格拉，于是主角临危上阵，带着妈妈船先行一步跳到一个秘密设施给妈妈船做最后的整修。
在整修过程中接收到卡伦奶奶的通信，卡伦奶奶表示自己被先祖控制，很快就会失去自我意识，萨尤克已经被她紧急跳跃走了，嘱咐主角千万不能让先祖得到这艘萨尤克。
于是主角踏上了寻找卡伦奶奶的道路，在旅途中遇到各种其他帝国被先祖舰船围攻，甚至还有维格尔、海盗和泰坦帝国的残余舰队，出手相救后暂时签订了互不侵犯条约。
当主角终于抵达萨尤克所在的位置时，却被先祖的女王（可以是群星里那个合成人女王）伏击，萨尤克也被先祖抢走了。好不容易逃出生天的主角启动了紧急跳跃，却又被先祖的女王预判，落入另一支先祖舰队的包围。在战斗最危急的时候，本图西的残余舰队来到了这片战场，帮助主角战胜敌人后，说了一堆谜语后又给了主角能够隐蔽穿越超空间的技术。
按照本图西人的谜语，主角来到一个尘封已久的先祖废墟，在击退了接二连三前来拦截的先祖舰队后启动了废墟中的设施，暂时屏蔽了先祖对超空间的干扰。最后主角查明了先祖女王的位置，带着舰队直接跳进了中心实施斩首作战。但进入战场后却赫然发现有3艘一模一样的萨尤克正整装待发，还有庞大的舰队拱卫在侧。
三位一体的3艘萨尤克无法战胜，卡伦奶奶也被绑定在其中一艘上，没有办法确认到底是哪一艘，也无法回应主角的呼唤。就在主角的舰队即将覆灭的时候，其他文明的舰队接二连三地跳进了战场和先祖舰队战成一团，主角趁先祖舰队力量被分散的机会一举摧毁了三艘萨尤克，其中一艘萨尤克在被摧毁前发出了卡伦奶奶的通信，回归了主角舰队的控制。此时先祖女王驾驶着一艘泰坦级战舰显形，常规武器完全无法对其造成伤害，卡伦奶奶驾驶着萨尤克用过载射击破坏了泰坦的防护，但萨尤克也承受不了过量的能量而爆炸了。
在银河系所有文明的努力下，先祖舰队被彻底击溃，超空间也恢复了正常。劫后余生的新生文明达成了真正的和平，组建了联合舰队守护他们的银河系。
彩蛋：在一个星球的地面战场上，一个全身包裹着盔甲、披着披风的人在手臂上的终端按下了五个按钮：↑→↓↓↓
在整修过程中接收到卡伦奶奶的通信，卡伦奶奶表示自己被先祖控制，很快就会失去自我意识，萨尤克已经被她紧急跳跃走了，嘱咐主角千万不能让先祖得到这艘萨尤克。
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按照本图西人的谜语，主角来到一个尘封已久的先祖废墟，在击退了接二连三前来拦截的先祖舰队后启动了废墟中的设施，暂时屏蔽了先祖对超空间的干扰。最后主角查明了先祖女王的位置，带着舰队直接跳进了中心实施斩首作战。但进入战场后却赫然发现有3艘一模一样的萨尤克正整装待发，还有庞大的舰队拱卫在侧。
三位一体的3艘萨尤克无法战胜，卡伦奶奶也被绑定在其中一艘上，没有办法确认到底是哪一艘，也无法回应主角的呼唤。就在主角的舰队即将覆灭的时候，其他文明的舰队接二连三地跳进了战场和先祖舰队战成一团，主角趁先祖舰队力量被分散的机会一举摧毁了三艘萨尤克，其中一艘萨尤克在被摧毁前发出了卡伦奶奶的通信，回归了主角舰队的控制。此时先祖女王驾驶着一艘泰坦级战舰显形，常规武器完全无法对其造成伤害，卡伦奶奶驾驶着萨尤克用过载射击破坏了泰坦的防护，但萨尤克也承受不了过量的能量而爆炸了。
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