(1)染料的基本合成原料是苯类、酚类、萘类、蒽醌类等，在生产和使用的过程中流失的原料使得水中CODcr浓度增高，有的染料废水CODcr高达几万mg／L，且可生化性差。(2)盐分高。在染料的合成过程中，往往需要调酸调碱进重氮一偶合；在使用过程中也需要加盐来固色、匀染，这样势必使得染料废水中含盐量过高。再者就算废水中有机物便于分解，但随着时问的推移，也会导致菌种难以生存而死亡。(3)色度大。染料生产厂家生产的染料品种繁多，有的废水色度可高达几万倍，色泽较深。另外由于织物种类、染料品种及工艺的不同，导致废水水质复杂且波动变化很大，很难找到一个合适的方法来统一处理，造成治理技术上的难题。(4)由于染料的基本合成原料是苯类、酚类、萘类等，往往产生的废水中含有有毒有害成分，并且还含有铜、锌、砷等具有毒性的重金属，难处理程度大且对环境有危害。
高效复合菌微生物技术可直接生化处理此类高浓度难降解且有毒性的染料废水