原 位 杂 交 组 织 ( 或 细 胞 ) 化 学 (In situ Hybridization Histochemistry ， ISHH) 简 称 原 位 杂 交 (In Situ Hybridization)，属于固相分子杂交的范畴，它是用标记的 DNA 或 RNA 为探针，在原位检测组织细胞内特定核酸序列的方法。
一、合成RNA探针
1、设计探针引物
RNA探针长度500bp最为合适。一轮引物不添加启动子序列，二轮引物在正向引物的5端加上T7启动子序列，在反向引物的5端加上SP6启动子序列。
2、探针合成
用未添加启动子序列的引物克隆出探针序列的DNA模板，将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳验证。胶回收，将其连接到T载体上，转化涂板，进行质粒提取送测。用添加了T7和SP6启动子序列的引物再次给探针序列两端添加上启动子序列。取一轮以质粒为模板扩增PCR产物进行琼脂糖进行PCR扩增，凝胶电泳验证，若条带单一明亮，胶回收PCR产物用于后续体外转录。
3、体外转录
利用PCR扩增出的带有启动子序列探针的DNA模板，分别用相应的RNA聚合酶进行体外转录，得到单链RNA探针。探针包括正义探针和反义探针，用正义探针(T7RNA 聚合酶转录得到)进行的原位杂交实验作为阴性对照组，用反义探针(SP6RNA聚合酶转录得到)进行的原位杂交实验为实验组。
4、质量检测、中止消化
转录结束后，取1uL 转录产物进行琼脂糖凝胶电泳验证，电泳条带明亮不弥散则进行下一步。验证后，每管加入2DNase，37消化15min，去除DNA模板。加入2uL0.2MEDTA(pH8.0)终止消化反应。
5、沉降洗涤保存
每管用DEPC水补至100uL，加入2倍体积的的无水乙醇和1/10体积的的3M乙酸钠，置于-80℃沉降过夜/-20℃沉降30分钟。将沉降后的体系放入离心机中，4℃，12000rpm离心15分钟，弃除上清。加入100uL70%无水乙醇浸洗，4℃，12000rpm离心15分钟，弃除上清，在超净台风干。将沉淀的RNA探针加入DEPC水溶解，使其浓度为10ng/uL，分装后放入-80℃保存备用。
注意事项：
（1）DEPC 即二乙基焦碳酸酯（diethylprocarbonate），可灭活各种蛋白质，是 RNA 酶的强抑制剂。原位杂交在各步处理中，所有液体试剂都应经 DEPC 处理。
（2）含有 Tris缓冲液的溶液中，不能加入 DEPC。
（3）原位杂交引物用同一个遗传背景的个体克隆全长测序成功，在测序成功的全长序列上设计引物，保证特异性。