辐射4剧情分歧点有三个，包括学院任务、兄弟会任务、铁路任务。四大阵营里只有义勇军是不和其他三个冲突的，其他三个阵营剧情分歧点是学院任务的大核融合厂（vs兄弟会）；学院任务的碉堡山战役（vs铁路）；兄弟会任务的战术思考（vs铁路）；兄弟会任务的Spoils of War（vs学院）。铁路任务的地下卧底（vs兄弟会）；铁路任务的核能选项（vs学院）。