软件著作权在认定高新技术企业中的重要用途包括以下几点：
1. 知识产权证明：软件著作权是企业拥有自主知识产权的重要证明之一。根据高新技术企业认定的相关规定，企业需要拥有一定数量的知识产权，而软件著作权作为知识产权的一种，可以有效证明企业在软件开发方面的创新能力和技术实力。
2. 快速获取：相比于专利，软件著作权的申请和获取周期更短。一般情况下，软件著作权的登记周期为35个工作日以内，这对于急于在当年申报高新技术企业的公司来说，是一个重要的优势。
3. 成本效益高：软件著作权的申请费用相对较低，且没有后续的年费。这使得企业在知识产权布局中，能够以较低的成本获得重要的知识产权支持，从而在高新技术企业认定中提升竞争力。