建安十三年,春正月,曹操回到邺,作玄武池,用以操练水师船战。汉罢三公官,置丞相及御史大夫。夏六月,以曹操为丞相。
秋七月,曹操领兵南征刘表。八月,刘表死。刘表之子刘琮代刘表领荆州,屯兵襄阳。刘备屯兵樊城。九月,曹操兵到新野,刘琮投降,刘备退走夏口。曹操进军江陵,下令荆州吏民,将与吏民从头更新作起。于是论赏荆州投降服从之功,封侯者十五人。以刘表之大将文聘为江夏太守,使仍统率原来之兵。又引用荆州名士韩嵩、邓义等人。益州牧刘璋初受征兵役,派遣兵卒供军需。十二月,孙权为助刘备攻合肥。曹操自江陵进兵征刘备,到巴丘,派张憙领兵趋救合肥。孙权知张憙来,退走。曹操至赤壁,与刘备战,不利。适军中大流行疫疠,吏士兵将染疫死者甚多。曹操乃引军还。刘备于是据有荆州及江南诸郡。
建安十四年,春三月,曹操军至谯。作轻舟,操练水军。秋七月,从涡水入淮水,出肥水,军驻合肥。辛未(二十三日),下令曰:“自近年以来,军队屡次征伐行役,或遇疫气,军吏士卒,死亡不能归家,家室哀伤孤寡,百姓流离失所,若此情形,岂是仁人所乐于见到的?这实在是不得已!现令死者家属,凡无有产业,不能自谋生活者,官府不要断其廪粮,长吏要照顾抚慰,以合于我之愿望。”置扬州郡县长吏,开芍陂屯田。十二月,军还于谯。
建安十五年,春,下令曰:“自古以来,受天命及中兴之君,何尝不得贤人君子与国君同治天下?其君得到贤者,乃有不出于里巷而得的,岂不是有幸而相遇吗?得贤之道,只怕在上位的不肯去求而已,肯求则必能得到。现今天下还未能平定,这正是特别急于求贤的时刻。从前孟公绰为赵、魏治事,老而成其优良治绩,但不可以作滕国和薛国的大夫。可见用贤的重要。如果必须先求其为廉士,而后才以为可用,则齐桓公不用管仲,怎能称覇于世呢?目前天下,能说在穿褐布衣服的平民之中,没有像姜尚那样,怀金玉之质,钓于渭水之滨的吗?又能说没有像陈平那样,有盗嫂受金钱之讥,而没遇到魏无知推荐的那种人吗?你们这些帮我做事的人,应该帮我发掘人才于鄙陋之处,显扬荐举微贱之人,唯要有才,便得举荐,不必过于拘制于廉洁孝友,我唯望得才而用之。”冬,作铜雀台。
建安十六年,春正月,天子命曹操世子曹丕,为五官中郎将,其下置官属,为丞相之副。太原商曜等以大陵之地叛乱。曹操遣夏侯渊、徐晃领兵围攻,破商曜。张鲁据汉中,三月,曹操派钟繇讨之。曹操使夏侯渊等出兵河东,与钟繇会师。
这时,关中诸将马超等怀疑钟繇要加以袭击。于是马超、杨秋、李堪、成宜等叛变。曹操遣曹仁领兵征讨。马超等屯兵潼关,曹操敕令曹仁等说:“关西兵马精悍,应坚守壁垒,不要交战。”秋七月,曹操亲自西征,曹军与马超军各在潼关内外对峙。曹操急于攻下,暗中派徐晃、朱灵等,夜渡蒲阪津,据黄河以西为营。曹操自潼关向北渡河,未能上岸之际,马超急放出船迎战。校尉丁斐,因而放出牛马活动,以引诱马超兵。马超兵见牛马,乱争取牛马。曹操兵因而得渡过登岸,乃沿黄河作甬道而向南。马超军退,拒守渭口。曹操乃多设疑兵,而暗中用船载兵入渭水,作浮桥。夜间,分兵扎营于渭水之南。马超军夜袭攻曹营,而曹操却早有伏兵,击破马超兵。马超等屯兵渭水南,声势极盛,派人送信给曹操,要曹操割黄河以西地给马超,则可以讲和,曹操不肯。九月,曹操进兵渡渭水。马超等屡次挑战,曹操不与战。马超又坚决要曹操割地言和,并要求送去任子(保举一子)以为质。曹操用贾诩计,假意许和。韩遂请求与曹操相见,曹操与韩遂之父是同年孝廉,又是韩遂同时年岁相近的朋友,于是二人交马相谈而不谈及两军之事,仅说以往在京都的旧事。二人抚掌欢笑,状甚欣悦。谈罢之后,马超问韩遂:“所谈何事?”韩遂说:“没有谈何事!”马超和其他人都怀疑二人有何密语。过些天,曹操又写给韩遂一封信,信中言语有多处涂改,看起来好像韩遂所改定。马超等人更怀疑韩遂,以为韩遂与曹操必有秘密之议。至此,曹操乃与马超约日会战,先用轻兵挑马超兵,战了很久,乃纵出精锐骑兵,猛力夹击,大破马军,斩了成宜、李堪等。韩遂、马超等走奔凉州,杨秋奔安定,关中之地平定。诸将或问曹操:“在先,贼守潼关,渭水之北道路成缺口,我公不从河东击冯翊,而反守潼关,经多日而后北渡黄河,为何如此攻法?”曹操说:“贼守潼关,如果我入河东,贼必定引兵守各渡口,那样西河就不能渡过了。我故意以大兵攻向潼关,贼众当然全力南守潼关,西河守备就必空虚,所以徐晃、朱灵二人能够取得西河。然后我引兵北渡黄河,贼与我所以不能争西河,只因徐、朱二将之兵已在西河之故。连车,竖立栅栏,作甬道而向南,既作成不可胜之势,且以示弱;渡渭水,作坚垒,贼虽来而不出战,因能使贼骄矜自大。所以贼不作营垒准备作战,而要求割地给他。我顺贼之心意,许他割地讲和,使他自觉安稳必胜,而不作战争准备。因此,我能够有时间畜养士卒之力,一旦出兵猛击贼军,这就是所谓迅雷不及掩耳。用兵的变化,固然没有一成不变之理。”在交战之始,马超兵每一部增师开到,曹操则有喜色。马军溃败之后,诸将问其原因。曹操答说:“关中地方大而路远,若贼兵各依险要防阻,我要一一征伐,非一两年时间,不能平定。现在贼兵都来,集在一起,兵众虽多,并不相归服。军队没有适合的主帅,立功便不容易,我所以心中喜悦。”