对于李贽的问题，潘淑明、许苏民两位学者曾撰写《<万历十五年>对李贽著作的误读》一文，可以详阅。
这里仅摘录论文最后的结论：
“黄仁宇先生专攻晚明史，自当全面研读李贽的著作和相关的史料，为什么竟会产生以上误读的情形、置大量不利于他的立论和史料于不顾呢？之所以如此,是因为他与海内外很多学者一样,有一种根深蒂固的先入之见，即：像中国这样的社会，根本不可能产生任何新经济、新思想的萌芽，只能在外力作用下“被现代化”。这种偏见支配了他对史料的取舍。以黄仁宇先生的失误为鉴戒,坚持史学研究的科学性原则，方能如实恢复李贽思想的本来面目。”
……
王小波曾经吐槽过《万历十五年》有点在传统文化里鸡蛋里挑骨头的感觉，这点确实看的很准，黄仁宇这本书最大的特点，就是把中国传统里的缺点，只要被他发现一个，就无限的夸张化，不断的上纲上线最后与中国在近代的落后联系起来。
我还能说什么呢？
最后，有人批评，说《万》只不过是科普著作而已，人家黄仁宇教授的真正学术成果是《财政》与《漕运》，你抓住人家一个小册子抨击有什么意思？
我就不说他的“真正学术成果”也被人质疑的事儿了。
就谈谈这类人的一个思路。
科普著作＝不严谨？
事实上，恰恰因为是科普著作，才应该更加的严谨，因为他面对的是没有分辨能力的大众，而且影响力很大，一旦宣扬了错误的价值观，造成的危害不可估量。
至于学术著作……你敢不严谨？你不严谨分分钟有人来批判你！而且学术圈内那么多大神，没有公众这么好骗，你有错，大家一眼都能看出来，你还要什么自行车？
最后，以陈梧桐教授的评语做结尾：
“（万历十五年）作为学术著作尚不够格，作为大众读物传播的是错误的明史知识，实在不值得肯定和热捧。”
这里仅摘录论文最后的结论：
“黄仁宇先生专攻晚明史，自当全面研读李贽的著作和相关的史料，为什么竟会产生以上误读的情形、置大量不利于他的立论和史料于不顾呢？之所以如此,是因为他与海内外很多学者一样,有一种根深蒂固的先入之见，即：像中国这样的社会，根本不可能产生任何新经济、新思想的萌芽，只能在外力作用下“被现代化”。这种偏见支配了他对史料的取舍。以黄仁宇先生的失误为鉴戒,坚持史学研究的科学性原则，方能如实恢复李贽思想的本来面目。”
……
王小波曾经吐槽过《万历十五年》有点在传统文化里鸡蛋里挑骨头的感觉，这点确实看的很准，黄仁宇这本书最大的特点，就是把中国传统里的缺点，只要被他发现一个，就无限的夸张化，不断的上纲上线最后与中国在近代的落后联系起来。
我还能说什么呢？
最后，有人批评，说《万》只不过是科普著作而已，人家黄仁宇教授的真正学术成果是《财政》与《漕运》，你抓住人家一个小册子抨击有什么意思？
我就不说他的“真正学术成果”也被人质疑的事儿了。
就谈谈这类人的一个思路。
科普著作＝不严谨？
事实上，恰恰因为是科普著作，才应该更加的严谨，因为他面对的是没有分辨能力的大众，而且影响力很大，一旦宣扬了错误的价值观，造成的危害不可估量。
至于学术著作……你敢不严谨？你不严谨分分钟有人来批判你！而且学术圈内那么多大神，没有公众这么好骗，你有错，大家一眼都能看出来，你还要什么自行车？
最后，以陈梧桐教授的评语做结尾：
“（万历十五年）作为学术著作尚不够格，作为大众读物传播的是错误的明史知识，实在不值得肯定和热捧。”
