夺回学院后，神人等人向圣国及其背后的〈圣王〉亚历山大燃起了反击的狼烟。
与神人再会的格蕾瓦斯将二十四年前与〈圣王〉交换的盟约，以及〈圣王〉那惊人的真正目的告诉了神人。
「―――我一直，在等待和小子你的相遇。」
帝都的陷落。从地表消失的圣都。
在寄宿于神人体内的〈暗之精灵王〉即将觉醒的期间，〈圣王〉向人类下达了毁灭的托宣――――
为了拯救〈元素精灵界〉和〈人间界〉，神人与〈斯卡雷特队〉前往了最后的决战之地――！