开局一段剧情，大致可能是由于奥迪西斯导致的一起命案（奥迪西斯……代欧奇希斯吗）
时间跳转到十年之前，主角正在家中接收母亲的制裁，日常给自己取名。

出门，右下角和一只蚊香蝌蚪对话，这是一切的开始。
序章结束。

章节1-幻之宝可梦
时间跳到五年后，
曾经的蚊香蝌蚪已经进化成了蚊香君，主角与他约定一起去挑战关服联盟。
下方帮助小女孩可莉捕捉尼多力诺（日常捕捉教程）。
往左进森林，路上遇到很多神神秘秘找幻之宝可梦的小兵，击败他们，往里跑，遇到正在到处窜的幻之宝可梦。

往森林深处走，看见有人正在与那只幻之宝可梦对战，冲上去，搞他，掏出宝可梦进入对战，但是输了。（明明我打赢了）
那人开始嘲讽我，幻之宝可梦先行溜走。
幻之宝可梦篇章结束。

真新镇能找到烈雀、麦克风胖丁，往左走进真新森林深处，找到卡拉卡拉，视角向下平移，看到最后的妙蛙种子正在匆忙逃窜，最后在真新花园逮住他。
大木博士冲过来，主角分了神，妙蛙种子趁机往上逃走了，主角向博士承诺一定会把他找回来。

往上走，周一1号道路会有闪光烈雀，可以调时间去抓。

章节3-救援袋龙
往常磐市走，桥上看到母亲正和大木博士对话，母亲同意主角去旅行，让主角好好照顾自己。
常磐市左下角拿到健美技能机器
往上走，到2号道路进通道，遇到大木博士的孙女，得到5只精灵球（我已经买了 ）。

穿过通道，进常磐森林，刚想带着蚊香君快乐抓宠，结果被青绿影响了这好心情，他竟然试图捕捉蚊香君 。
这时候一只袋龙路过，青绿向袋龙发起进攻，主角发现这只袋龙也不进攻，一直努力保护着袋中的小袋龙，便连忙去阻止青绿的恶行。
青绿当然不乐意，与主角进行对战。
青绿宝可梦：
Lv11小火龙
Lv13飞天螳螂

沿路去找袋龙，不过袋龙比较警惕，还是和主角进行了对战。
这时候青绿跑过来，脑子里还全是收复袋龙的念头，靠近了才看到袋龙的宝宝中毒了，主角还准备去买解毒药解毒，青绿告诉主角宝可梦宝宝不能消化药物，需要找到桃桃果来治愈毒素（新的没有用的知识增加了）。
左上角草丛找到野生的乔伊小姐姐，得到桃桃果（用掉或者给宠携带，可以再找她要桃桃果 ，虽然这并没有什么用）
将桃桃果喂给袋龙宝宝吃了，袋龙宝宝终于恢复了健康。
往出口通道走去，路上可以捡到剧毒技能机器，

进通道，与此同时，常磐森林的npc由于各种奇怪的事件神秘消失，再也不见踪影。
拯救袋龙篇章结束。

左边上台阶，从带着呆呆兽的npc那儿得到冥想技能机器。
往上走，看到小霞正在与一只暴鲤龙对战，发现她略有败迹，主角连忙上前帮助她收服了暴鲤龙，小霞说这原本就是她的暴鲤龙，不过之前被人偷走，待再次找到它之时，就发现它在发狂。
主角想去问下大木博士是否知道这事的信息，小霞便提议可以用宝可梦中心的电话联系他。

章节6—月见山
进4号道路的精灵中心，用柜台旁边的电话打给大木博士，大木博士得知这事情后认为是火箭队干的，告诉了主角一些关于火箭队的事情，比如火箭队正在月见山找月亮石……
旁边还有个鲤鱼王大叔，可以从他那儿花1万买一条虚假的丑丑鱼（实际上是鲤鱼王），进化后是暴鲤龙F。
准备进月见山，小霞要求一起走，月见山洞口看到一些火箭队成员，他们正囔着要去找月亮石。

进月见山，最上面那条路可以捡到十万伏特技能机器。
月见山岔路挺多的，反正都走最下面那条路就对了，岔路的道具也可以都去捡一下，路上触发剧情，偷听到俩火箭队成员正讨论月亮石的事情。