明朝时栽培中心己是山东曹州(现今山东菏泽)，其时安徽亳州也己兴起。

清朝时栽培中心仍为曹州，西北，西南，江南亦很昌盛，牡丹已远传欧美

清未定牡丹为国花。

民国时战乱导致牡丹严重没落，建国后开始慢慢恢复。现在很多品种就是六零年后所培育。近年国内亦已在远缘杂交和跨组杂交上取得了不少成绩，但大部分还处在育种阶段，未曾推向市场

现今栽培品种主要有国内的中原品种群、西北品种群(紫斑)、西南品种群、江南品种群这四个大种群和延安品种群、鄂西品种群、东北品种群这三个小种群，另有提出设立保康种群的。

国外有日本品种群、法国牵头的欧州品种群，美国品种群

中原品种群最早由野生品种驯养而来。其基因中以原始品种矮牡丹为主，这也是中原品种大多长势慢个头矮小的原因。现在的中原品种群基因非常复杂，主要含矮牡丹，杨山牡丹(凤丹的老祖宗)，紫斑牡丹这三类基因。其种群因成因复杂形态差异极大。其中有纯矮牡丹后代(个头偏矮长势偏慢)，有纯杨山牡丹后代(个高长势快)，也有矮牡丹，杨山牡丹，紫斑牡丹杂交后代。其中花心带色斑者大多为中原X紫斑杂交后代，其比例约占百分之三十左右。因中原品种成份复杂，导致长势，开花形态和适应力千差万别，因此非中原地区引种时应该注重引种适合本地的品种

中原品种群为国内种群中数量最多分布最广的种群。以河南洛阳和山东菏泽为两大栽培中心。洛阳以牡丹文化和研究为主。菏泽以商品繁育为主，菏泽牡丹商业化程度为全国最强，为牡丹的种植推广贡献最大。两地牡丹繁殖均以嫁接为主。洛阳嫁接苗栽培一年后一般会挖起剪掉部分砧木根再重新种下，俗称倒栽。此种繁殖法更易催生出更多自生根，买家买到手后烂根少成活率高。但因倒栽影响苗木生长增加人工等成本，因此同等年份洛阳苗不如菏泽苗大，价格反而更高

菏泽苗一般不倒栽，因此同等年份苗子大些，价格反而更实惠。只是到手后须视自生根强弱决定是剪掉砧木栽还是养两年复壮后再挖起剪掉砧木根重新栽培。当然如果是北方土地相对干燥，不剪自生根也影响不大。南方土地潮湿则易因砧木根引起的根腐导致死苗